Die Synode ist das wichtigste Organ (Parlament) der Römisch-Katholischen Kirche Basel-Stadt, welches als Legislativgremium über die wesentlichen Gesetze und den Einsatz der finanziellen Mittel entscheidet. Die Pfarrei St. Franziskus hat vier Mitglieder in der Synode.

Die Synode wählt und beauftragt den Kirchenrat (Exekutive) mit der Ausführung wichtiger Geschäfte. Über die Synode kann jedes Kirchenmitglied Einfluss auf die Verwendung der Kirchensteuern nehmen. Die Sitzungen der Synode sind öffentlich. Verhandlungsergebnisse und Informationen aus den Synodensitzungen werden monatlich dem Pfarreirat an seinen Sitzungen berichtet.